Le hameau de Saint-Pierre-l’Estrier est situé au nord-est d’Autun, à environ deux kilomètres de l’enceinte de la ville antique. À proximité de la voie menant à Langres et Besançon, il recouvre au moins deux basiliques suburbaines, Saint-Pierre et Saint-Etienne, ainsi qu’une importante nécropole de l’Antiquité tardive. Cet ensemble, mentionné dès le VIème siècle, semble avoir constitué le principal pôle funéraire chrétien de l’Antiquité tardive à Autun.
La mention de l’église Saint-Pierre apparaît dans les textes en 843, sous le titre de Monasterium Sancti Petri seu Sancti Stephani in suburbio civitatis. Constance de Lyon et Grégoire de Tours ont mentionné antérieurement le site, mais sans faire allusion à l’église Saint-Pierre. Grégoire de Tours mentionne ainsi l’église Saint-Etienne qui s’élevait sans doute à proximité mais dont l’emplacement précis reste actuellement inconnu.
De nombreux états de construction ont pu être mis en évidence grâce aux fouilles programmées réalisées de 1976 à 1986 sous la direction de Chr. Sapin, avec la collaboration de W. Berry, J.-C. Picard et B.K. Young. Succédant à une construction du Haut Empire, on observe la mise en place d’un bâtiment qui reprend une partie des maçonneries antérieures. Celui-ci, peut-être un mausolée, pourrait dater du IVème siècle. Les autres états de l’Antiquité tardive sont liés à la réutilisation des maçonneries du Haut Empire, qui sont intégrés à la construction d’une église à trois nefs et abside, à laquelle s’adjoint le possible mausolée précédemment cité.
Les fouilles de Chr. Sapin ont mis au jour au moins cinquante-huit sépultures appartenant à la fin de l’antiquité, à l’intérieur et autour de l’église Saint-Pierre.
Quelques dizaines de mètres au nord-est de l’église, une plaque en marbre de la fin du IIIème ou du IVème siècle portant l’épitaphe de Pectorios a été retrouvée en 1839.
« Race divine du Poisson céleste, garde un cœur saint, puisque parmi les mortels, tu as reçu la source immortelle des eaux divines. Réchauffe ton âme, ami aux eaux intarissables d’une sagesse source de richesses. Prends l’aliment doux comme le miel du Sauveur des saints. Mange, toi qui as faim, en prenant le poisson dans tes mains, Poisson qui nourrit les poissons (?), maître et sauveur, que ma mère Lilaiô repose donc en paix, je t’en supplie, lumière des morts ! Aschandios mon père, cher à mon cœur, Avec ma tendre (?) mère et mes frères (?), (…) Dans la paix du Poisson souviens-toi de ton Pectorios ! » (d’après A. Hostein)
Avec l’évocation du Poisson Sauveur et une référence au rite de la communion, il s’agit de la plus ancienne mention épigraphique du Christ et de la nouvelle religion chrétienne en Gaule romaine.
Au cours du Moyen-Age, l’édifice de culte devient église paroissiale. Peu après la Révolution, elle est transformée en grange et en étable. Le bâtiment a été classé au titre des monuments historiques en 1979.
