La première moitié du XXème siècle fait triste figure à côté de l’intense activité du siècle précédent. L’observation et le relevé des vestiges mis au jour sont alors faits par deux membres seulement de la Société Éduenne : Ch. Boëll (1877-1940), avant la Seconde Guerre mondiale, et l’abbé J. Berthollet, dans les premières années de l’après-guerre (L’évêché d’Autun: Étude historique et descriptive – Jean Berthollet – Google Livres). Toutes ces données ne sont qu’en partie publiées.
La mise en place de la législation archéologique et l’organisation administrative de l’après-guerre n’ont d’abord exercé aucune influence sur la recherche archéologique à Autun. Ainsi, dans les années 1960, les grands programmes de construction de HLM (Saint-Jean- République, Saint-Andoche et la Croix-Verte) ont largement détruit des quartiers entiers de la ville romaine sans, malheureusement, que soient faits les moindres relevés ou photographies. Les objets découverts ont échappé au musée Rolin : fréquemment vendus, certains se trouvent encore aujourd’hui dans des collections particulières, d’accès souvent difficile. À partir de 1963, G. Vuillemot, conservateur du musée Rolin, luttant contre l’indifférence générale, a tenté de suivre les chantiers de construction, consignant les découvertes dans les Mémoires de la Société Éduenne qu’il a fait renaître. On lui doit d’avoir sauvé la mosaïque d’Anacréon, fragment de la mosaïque des Auteurs grecs découverte en 1965 rue de la Grille. Quelques jeunes bénévoles, comme M. Bernard ou encore J. Duverne accompagnent également les travaux et consignent leurs découvertes dans des cahiers d’écolier.
En 1972, sous l’impulsion de G. Vuillemot et de J.-B. Devauges, directeur des Antiquités historiques de Bourgogne, une série de fouilles de sauvetage a commencé. La destruction de l’usine des Ateliers d’art occasionnée par la construction de la salle polyvalente de l’Hexagone a permis la mise au jour de deux domus dites de Balbius Iassus et à l’Étui d’or (Deux maisons à pavement d’Augustodunum (Autun, Saône-et-Loire). Parallèlement, entre 1972 et 1980, J.-P. Guillaumet, conservateur adjoint au musée Rolin, a pu réaliser de nombreux suivis de travaux sur le territoire de la commune (thermes du forum, quartier d’habitation de la promenade des Marbres, découverte des piliers aux Quatre Dieux rue de la Grille, découverte de cercueils de plomb de l’Antiquité tardive sur la nécropole des Drémeaux…).
Les campagnes de photographies aériennes de R. Goguey (Septembre – Le passé vu du ciel : l’aérophotothèque de René Goguey) durant la sécheresse de l’été 1976 ont permis de spectaculaires découvertes, en particulier dans le quartier extra-muros de La Genetoye. À cette époque, des fouilles programmées menées par Christian Sapin démarrent sur le site de Saint-Pierre-l’Estrier (une église et un cimetière paléochrétiens situés à 1,5 km à l’est d’Autun) ; puis d’autres fouilles suivent en 1983, dans le cloître de Saint-Nazaire (celui de la première cathédrale d’Autun, proche de l’évêché et de l’actuelle cathédrale Saint-Lazare). Elles s’achèvent respectivement en 1986 et en 2004.
Entre 1984 et 1989, A. Rebourg, conservateur au musée Rolin, conduit de multiples et importantes opérations de sauvetage en différents points de la ville (centre monumental antique sur les sites de la maison de retraite et du pavillon Saint-Louis, « maison à l’Enseigne », quartier artisanal de la rue des Pierres)(L’urbanisme d’ Augustodunum (Autun, Saône-et-Loire)). L’investissement de la municipalité dans la gestion de son patrimoine archéologique conduit en 1989 à la création du Service Archéologique de la Ville d’Autun, placé sous la direction de Pascal Chardron-Picault (Aspects de l’artisanat en milieu urbain : Gaule et Occident romain); (Le Service Archéologique de la Ville d’Autun).
